法律分析：
小超市烟草证注销三年后，才可以重新申请烟草许可证。
法律依据：
《烟草专卖许可证管理办法》 第二十五条 有下列情形之一的，不予发放烟草专卖零售许可证：
（一）经营场所基于安全因素不适宜经营卷烟的；
（二）中、小学校周围；
（三）取消从事烟草专卖业务资格不满三年的；
（四）因申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料，烟草专卖局作出不予受理或者不予发证决定后，申请人一年内再次提出申请的。