法律分析：只要构成犯罪就会留有案底，跟犯罪嫌疑人是否认罪认罚没有任何关系，因此，认罪认罚不起诉也是会有案底的。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百八十六条 犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。